La conducción de la Universidad Provincial del Sudoeste está a cargo del Rectorado y del Consejo Superior Universitario. El primero incluye al Rector y al Vicerrector, que trabajan con la colaboración directa de tres Secretarías, la Académica, la Administrativa, y la de Extensión e Incubación de Proyectos, y sus respectivas Direcciones.

El Consejo Superior Universitario es el órgano colegiado de Gobierno de la Universidad y está compuesto por el Rector, los Consejos Directivos de las Facultades, un Consejero representante de los empleados no docentes y el representante de la región del Órgano Empresarial Administrativo.

A la fecha hay constituidas dos Facultades, cuya naturaleza muestra claramente las líneas prioritarias de interés de la UPSO:

* Facultad de Desarrollo Local y Regional, que nuclea a las carreras que generen recursos humanos útiles para el desarrollo local y regional como son:

• Licenciatura en Desarrollo Local y Regional
• Técnico Universitario en Emprendimientos Turísticos
• Técnico Universitario en Asuntos Municipales
• Diplomatura en Asuntos Municipales

* Facultad de la Micro, Pequeña y Mediana Empresa, que nuclea a las carreras orientadas a facilitar la ocurrencia de emprendimientos económicos como son:

• Licenciatura en Gerenciamiento de Pymes
• Técnico Universitario en Creación Y Gestión De Pymes
• Técnico Universitario En Emprendimientos Informáticos
• Martillero y Corredor Público
• Técnico Universitario en Periodismo y Emprendimientos de la Comunicación
• Diplomatura en Gestión Administrativa

El gobierno y conducción de estas Facultades está a cargo de los respectivos Consejos Directivos, conformados por los Decanos y los representantes de los claustros de Profesores, Docentes Auxiliares y Alumnos.

Además, la Universidad cuenta con el Consejo Social, que tiene como Miembros Titulares a los once Intendentes de los Distritos en donde la UPSO tiene Sedes Académicas. Entre otras atribuciones, el Consejo Social tiene la de dar su acuerdo para definir cada año en qué carrera se inscribirá en cada localidad. También interviene en la creación o supresión de Sedes Académicas.